クジラの子らは砂上に歌う故事发生在砂刑历93年。一艘名为“泥鲸”的漂泊船上，生活着513名居民。他们分为两个种族——拥有超能力的“印族”，以及没有超能力的“无印族”，相比于印族，无印族拥有更长的寿命。某一日，一个名为莉柯丝（石见舞菜香 配音）的少女被一位名叫查克罗（花江夏树 配音）的少年发现在了废墟之中，当男孩遇见女孩，命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃（岛崎信长 配音）、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼（梅原裕一郎 配音）、天真可爱不谙世事的萨米（金元寿子 配音），在岛上，每一段相遇都会交织出一段新的乐章。