机械女神J to X在遥远的未来，银河系边缘的堤拉兹惑星是一个只有男人而没有女人的殖民星球。原来人类在移民的途中飞船发生事故，最后只有六位男性幸存了下来。现在堤拉兹惑星上的人都是这六位人类男性利用生物技术留下的后代，他们分别住在由遗传了这六人细胞和记忆的克隆人领导的六个国家里。为了取代女性的作用，人们以人类女性为参照制造了机械人偶。住在日本国的间宫小樽由于机缘巧合唤醒了三位带有少女回路的机械女神莱姆、樱桃和红莓，在他的关爱下，三位人偶的少女回路不断成长，而小樽也逐渐了解到三人身上所带的少女回路的真正含义……